20世纪末，一种被称为“B细胞”的物质被发现存在于生物体内，这种物质会直接侵入生物的DNA内部，使其产生异变。科学家们对这种奇妙的物质产生了极大的兴趣，为此进行了多次动物实验，并秘密地准备将B细胞用在人体上。高中生海堂佑司在不知不觉中成为了牺牲品，也因B细胞的活性化而被诊为不治之症，进入了精心安排下的冷冻睡眠。在这段时间内，由于动物体内的B细胞无法通过冷冻来抑制，使其发生了突变增殖引发了物种变化，兔子和小狗成为了巨大的虫状怪物 BLUE。它们在很短的时间内交配繁殖，并将人类当作了自己的食物。整个世界很快就被数量庞大的BLUE所占据，只有1千万左右被选出的人逃到了太空殖民地“第二地球”里，而剩下的人类却只能留在地面上被BLUE所蹂躏…

似乎人类还没有完全绝望，太空站上的科学家通过一份过去的研究报告得知，身体里繁衍着B细胞的人类将能有效地打击BLUE，这些珍贵的生物兵器被称为“SLEEPER”，而回收他们就成了第二地球军队的头号任务。玛琳·安吉拉所在的机甲战士小队奉命回收日本地区的SLEEPER，但在冷冻库受到了BLUE的伏击，损失惨重，唯一安全回收的只有佑司。回到太空站的旅途一样艰辛，本不会游泳的BLUE 通过海底管道突袭了人类的海上基地，混战中回收小队的成员死伤殆尽，只有玛琳、佑司、乔伊及重伤的队长罗伯特逃出生天。他们之后几乎每到一处都遭到了 BLUE的袭击，在韩国，罗伯特和乔伊相继死在BLUE爪下，剩下玛琳和佑司两人结伴前往拜科努尔宇宙基地。在旅途中生死相交的两人慢慢产生了感情，在战场上约好不论经历多少苦难，都一定要在宇宙再见……

告别血战之后的拜科努尔，两人好不容易来到第二地球，却发现高层评议会正在进行着秘密的计划。佑司被配给了新型的机动战士，但他在之后的战斗中却变得异常冷酷，和以前判若两人。通过反抗组织领袖的述说，玛琳得知SLEEPER能对抗BLUE的原因，是因为其体内的B细胞在新型的机动战士催化下急速活性化，从而能预测BLUE的行动。也就是说，随着佑司他们驾驶新型机动战士的时间增长，SLEEPER本身正因为B细胞的增殖而使他们正慢慢变成BLUE!知道真相的玛琳加入了反抗组织，决心拯救她一直深爱着的佑司，当他们与评议会的军队交火时，另一名SLEEPER东尼突然带着一大群BLUE自地球战场闯入…